Článek
Výsledkem je ale jedna z nejcennějších barokních staveb na sever od Alp, jež tvoří neodmyslitelnou součást pražského panoramatu. Na základní kámen ke kostelu v roce 1673 přitom poklepal samotný císař Leopold I.
Na jeho místě stál až do roku 1743 gotický farní kostel, vysvěcený pražským biskupem Tobiášem roku 1283, a v sousedství románská rotunda sv. Václava, postavená jako připomínka zázraku, k němuž došlo při posmrtném převozu Václavova těla ze Staré Boleslavi na Pražský hrad, jak se o tom zmiňují středověké legendy.
Na díle, které se realizovalo přibližně 100 let, se podílely tři spřízněné generace velkých barokních architektů – otec, syn a zeť: Kryštof Dienzenhofer, Kilián Ignác Dienzenhofer a Anselmo Lurago.
Plán chrámu vypracoval na žádost jezuitského řádu italský architekt Giovanni Domenico Orsi. Než se však v roce 1702 začalo stavět, doznala podoba svatostánku radikálních změn. Průčelí kostela, stejně jako loď s věncem kaplí, se stavělo podle návrhu Kryštofa Dienzenhofera. Kněžiště a rozměrnou kopuli o průměru 20 metrů chrámu vyprojektoval jeho syn Kilián Ignác. A podobu přilehlé zvonici dal architekt Anselmo Lurago.
Slavní umělci se podíleli rovněž na výzdobě interiéru. Zřejmě nejznámějším z nich byl malíř Karel Škréta, který je autorem obrazu Ukřižování a dále desetidílného pašijového cyklu. Pozoruhodnou součástí interiéru kostela je také kazatelna z umělého mramoru. Její elegantní stavba a propracovaná výzdoba pochází z dílny Richarda a Petra Prachnerových. A obrovskou fresku na klenbě hlavní lodi představující Oslavení svatého Mikuláše namaloval Jan Lukáš Kracker.
„Je neobyčejně zajímavé, jakým způsobem Kilián Ignác navázal na otcovy plány,“ popisují historici dílo potomka Kryštofa Dienzenhofera. Otec projektoval závěr kostela poněkud skromně, a to tak, že rovně uzavřený presbytář zaklene oválnou, nevelkou kupolí, téměř zakrytou ve střeše. Kilián Ignác uvažoval velkoryseji. „Mělký závěr otcova projektu nahradil trojapsidární dispozicí monumentálních rozměrů s kupolí na vysokém tamburu (nástavci),“ uvedl historik Mojmír Horyna.
Chrám je široký 40 metrů, z toho 30 metrů má jeho loď. Délkou bez schodiště dosahuje 60 metrů. Kupole má v průměru obdivuhodných 20 metrů, vnitřní výška do vrcholu lucerny je takřka 50 metrů. Zvonice sahá do výšky 79 metrů.
Varhany chrámu, dokončené v roce 1747, mají 4000 píšťal. V roce 1787 na ně při návštěvě Prahy hrál Wolfgang Amadeus Mozart.
V chrámu svatého Mikuláše se mimo jiné odehrává i děj slavného Arbesova romaneta Svatý Xaverius, podle kterého je tamní obraz malíře F. X. Baxla nazvaný Smrt Františka Xaverského vlastně kryptogramem k nalezení cenného pokladu.
Koncem 19. století tu byl kaplanem Karel Kašpar, pozdější pražský arcibiskup, ve 40. letech 20. století to byl Josef Gabriel, vychovatel mládeže a ředitel ministrantského sdružení Legio angelica. Po něm tu až do začátku 50. let působil teolog, teoretik umění, publicista a spisovatel Josef Zvěřina, spoluzakladatel Charty 77.
Za komunistické diktatury sloužila věž, vysoká 65 metrů, jako pozorovatelna agentů Státní bezpečnosti, kteří z ní sledovali pohyb disidentů kolem americké, německé a britské ambasády. Pozorovatelna s krycím názvem Kajka fungovala v bývalém bytě věžníka od roku 1952 do pádu komunistického režimu v roce 1989.
Chrám dnes slouží nejen sakrálním účelům, ale i jako koncertní síň.