Nebezpečná situace v Česku. K mutacím je „slepé“

„Mluvíme o britské variantě, jihoafrické variantě a brazilské variantě, paradoxně je ale dost možné, že tyto země mají prostě jen lepší kapacitu genetického sekvenování a ty samé varianty se mohly objevit kdekoliv jinde, kde si toho jen nikdo nevšiml. Nebo někde mohou být další dosud neobjevené,“ cituje americká CNN v reportáži ze Sangerova institutu mluvčího Anglického úřadu pro veřejné zdraví (PHE) Ruairidh Villara.

Hned zkraje uveďme, že tato myšlenka jistě nesedí na případ zmiňované brazilské mutace. Tu totiž neobjevily brazilské laboratoře, ale japonský screening na letišti u brazilských cestujících. O to ale vlastně ani tolik nejde. Villar narážel spíš na obrovské rozdíly v pravděpodobnosti, s jakou mohou různé země novou mutaci zachytit.

Například jen Sangerův institut totiž podle CNN sekvenuje tolik vzorků viru týdně, že to odpovídá čtvrtině z celosvětového součtu. Dohromady s dalšími 16 menšími laboratořemi ve Spojeném království pak institut stojí za celou polovinou celosvětového počtu. Ne nadarmo tak CNN v reportáži Sangerův institut označuje za místo, kde se odvádí jedna z těch nejdůležitějších prací na celém světě. Budova mimochodem stojí u silnice v Cambridge nedaleko restaurace, kde v roce 1953 britský vědec Francis Crick oznámil objev „tajemství života“ jménem DNA.

Profesor Ravindra Gupta ze Sangerova institutu CNN řekl, že pacienta nula, u kterého se jako u prvního objevila varianta B.1.1.7, už zřejmě nikdo nenajde. Má ale představu, o koho mohlo jít. Minulý rok totiž zkoumal případ pacienta, který měl porušený imunitní systém a jeho tělo neúspěšně bojovalo s covidem-19 tři měsíce, čímž byly podle vědce splněny ideální podmínky pro rychlou mutaci viru. Pacient neměl B.1.1.7, ale objem mutací viru z jeho těla podle Gupty „ilustruje, že je velmi, velmi, velmi pravděpodobné“, že pacient nula s variantou B.1.1.7 musel mít podobný problém s imunitou.

Během tří měsíců v těle, které je bezbranné, má totiž podle něj virus mnohem víc možností mutovat, než když po stejnou dobu přeskakuje z jednoho člověka na druhého. S tím souhlasí i další britský vědec Ewan Harrison a oba se shodují, že „takoví jedinci jsou rozeseti po světě, takže je velmi pravděpodobný i výskyt dosud neobjevených variant“ viru SARS-CoV-2.

Rozdíly v kapacitách světových laboratoří jsou skutečně propastné. The Wall Street Journal tvrdí, že ze Spojeného království pochází 44 % ze všech záznamů nahraných v globální bance GISAID týkajících se viru SARS-CoV-2. Do té přitom přispívá 140 zemí.

Jsou země, které už v tuto chvíli zvládají situaci dobře monitorovat a záchyt nově vzniklých mutací je u nich víc než pravděpodobný, ač se třeba celkovým počtem sekvenací s Británií nemohou rovnat.

Časopis Nature s odkazem na data k 5. lednu uvádí na prvním místě Austrálii, která k tomuto datu zvládla do databáze GISAID nahrát víc jak polovinu veškerých případů potvrzených nákaz v zemi, těsně pod 50 % měl Nový Zéland a na třetím místě skončil Tchaj-wan s asi 17 %. S 12 % za ním skončilo Dánsko, které mimochodem podle článku v časopisu Science od Nového roku údajně už zvládá sekvenovat 50 % a brzy chce dosáhnout 70procentního podílu.

Británie v tomto žebříčku skončila až na osmém místě, nutno ale dodat, že Spojené království eviduje už téměř 3,9 milionu potvrzených nákaz, zatímco Austrálie 28 000, Nový Zéland přes 2 300, Tchaj-wan ani ne 1000 a Dánsko přes 200 000.

„Slepé“ jsou nadále k novým mutacím podle listu The Washington Post například Spojené státy. Americký deník v článku z konce ledna shrnuje výpovědi expertů, podle kterých je velmi pravděpodobné, že se již známé mutace poprvé objevené v Británii a Jihoafrické republice v zemi nepozorovaně šíří.

The Washington Post k tomu přikládá svou starší analýzu z konce loňského roku, kdy byly USA v žebříčku zemí, který jsme rozebírali výše v tomto článku, na 43. místě s pouhými 0,3 % sekvenovaných vzorků z celkového počtu potvrzených případů. Deník nicméně uvádí, že vědci už byli v USA vyslyšeni a situace se mění, za měsíc se Spojené státy posunuly na 38. příčku.

Deník k tomu dodává, že podle americké společnosti zabývající se analýzou genetických variací Illumina, je potřeba sekvenovat 5 % ze všech případů koronaviru, aby bylo možné odhalit novou variantu, už když představuje jen 0,1 až 1 procento ze všech případů. Veškerá opatření pro zpomalení šíření nové mutace jsou přitom efektivní zejména v této rané fázi a při větším rozšíření už se dominanci mutace v populaci nemusí dát zabránit.

Spojené státy jsou typickým příkladem země, jejíž celkový počet sekvenací je v porovnání se světem vysoký, ale je kvůli vysokému počtu nakažených nedostačující. The Washington Post uvádí, že k minulému pátku USA provedly přes 84 000 sekvenací z celkových víc jak 25,7 milionu potvrzených případů, v četnosti sekvenování suverénně první Británie přitom tou dobou měla 214 000 z 3,7 milionu případů.

Pak jsou tu ale země, jejichž kapacity jsou velmi malé a ještě k tomu mají hodně nakažených, a takovým případem je i Česko, které podle poslední zprávy SZÚ z 25. ledna přispělo do databáze GISAID celkem 335 celogenomovými sekvenacemi. Nakažených je přitom v Česku už evidováno přes milion. Od 25. ledna se podle vedoucí Národní referenční laboratoře pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění Heleny Jiřincové počet záznamů zvýšil na 614.

Na žalostnou situaci v Česku už delší dobu upozorňují například odborníci sdružení v iniciativě Sníh. Imunolog Zdeněk Hel, který je jejím členem, ve středu napsal na Twitter, že Ministerstvo zdravotnictví pro monitorování variant koronaviru neudělalo nic až do 14. 1., kdy vědci požádali o intervenci, a „dělá velmi málo i nyní“.

Už známé druhy nových variant viru SARS-CoV-2 ale podle vědců jde monitorovat i bez celogenomového sekvenování pomocí testování vzorků PCR testů.

Do otestování více než dvou tisíc středečních pozitivních vzorků se podle premiéra Igora Matoviče pustilo Slovensko. Předběžné výsledky po vyhodnocení asi 1300 vzorků vypovídají o 71% zastoupení varianty B.1.1.7. Zbytek vzorků by měl být vyhodnocen ještě v pátek.