Článek
Průběžné změny ve stavbě písmen RNA nového koronaviru nyní studuje velké množství vědeckých týmů po celém světě - otázka je klíčová i při výrobě vakcíny.
S jedním z posledních poznatků přišla začátkem července studie zveřejněná v časopise Cell. Ta upozornila, že ve světě nyní dominuje jedna z variant viru SARS-CoV-2, která se odlišuje od té, která se jako první objevila na sklonku loňského roku v Číně. Vědci ji označili jako variantu D614G.
Co přesně stojí za rozšířením této obdoby koronaviru, se ale podle odborníka na molekulární genetiku z Ústavu molekulární genetiky Akademie věd ČR Jana Pačese musí ještě více prozkoumat - definitivní důkazy o jeho zvyšující se infekčnosti nebo síle stále nejsou.
Vědec zároveň popsal, jak virus po lidské populaci cestuje, a jak je možné vydat se po jeho stopách.
„Koronavirus má přes 30 tisíc písmenek a rychlost mutací tohoto typu koronaviru je zhruba 25 písmenek za rok. Když tedy dnes uděláme izolaci - půl roku od původního wuchanského referenčního genomu - v průměru bude mít nějakých 10 nebo 15 mutací,“ popsal pro Seznam Zprávy.
Jednotlivé změny podle něj můžeme dobře detekovat a vystopovat tak i šíření viru. „Mutace vznikají náhodně. Takže když vidíme, že měl nějakou konkrétní mutaci například člověk v Itálii a potom se za 14 dnů objevila jinde - vidíme, že došlo k přenosu, přestože třeba nebyl epidemiologicky detekovaný. Tohle se děje normálně a je to standardní situace,“ přiblížil Jan Pačes.
Sledovat rozvětvené stromy mutací nového koronaviru mohou lidé i na webové stránce. Jde doslova o hemžení. Jednotlivé varianty viru spolu defacto soutěží - ten, který je „úspěšnější“, se bude šířit víc. Jedna z mutací je například rozšířená dominantně pouze v Izraeli a Argentině. „To je dobrý příklad, že šíření některých mutací je prostě náhodné,“ dodává odborník.
Na fylogenetickém stromu jsou vidět nejstarší mutace (modrá část) před expanzí mutace A23403G.
Že se podle zmiňované studie jedna z variant rozšířila více, může mít podle Jana Pačese dva důvody.
„Může to být tím, že se skutečně šíří rychleji, že je třeba infekčnější a vstupuje lépe do buňky nebo v ní dělá více kopií. Důvodů může být mnoho. Nebo je to následkem genetického driftu - prostě náhoda. První, kdo to měl, to vyvezl ven a všichni ostatní jsou jakoby potomci. Ještě však nelze rozhodnout. Je na to brzy,“ míní.
„Po přeskoku viru na nového hostitele většinou dochází poměrně rychle k vzájemné adaptaci. Zatím ještě neumíme statisticky jasně rozhodnout, jestli se mutace D614G šíří kvůli genetickému driftu (founder mutation) nebo kvůli adaptaci, ale indicie pro druhou variantu jsou silné,“ dodává Pačes.
Pozor na superpřenašeče
Pokud jde o šíření virů, často je v této souvislosti uváděno číslo R - tedy hodnota, která ukazuje, kolik lidí je nakažený schopen sám nakazit. Nicméně toto číslo zvlášť u koronaviru nemusí být vždy zcela přesné.
„U nového koronaviru naprostá většina lidí nenakazí nikoho, ale sem tam se objeví někdo, kdo naopak nakazí velké množství lidí - to jsou ti superpřenašeči. Do lokálního ohniska nákazu někdo přinese a je smůla, pokud je daný jedinec hodně infekční a všechny lidi v okolí nakazí. Ti potom dále nakazí už jen jednoho nebo dva lidi, ale základ vytvoří ten jediný. Celá Jižní Korea, to byla jedna jediná pacientka číslo 31, která nakazila 5000 lidí. Kdyby jí nebylo, neměli by tam koronavirus vůbec,“ vysvětluje Jan Pačes.
Role genetiky
Pokud jde o mutace virů - většina z nich nemusí mít na jeho povahu v podstatě žádný vliv a velké množství z nich může postupně také vymizet. SARS-CoV-2 zároveň podle známých dat mutuje pomaleji než například chřipka.
„Je samozřejmě možné, že vznikne mutace - spíš asi ne jedna, došlo by tam k nějaké přestavbě nebo prokřížení s jiným virem - která by měla za následek určitou vlastnost. Do budoucna to možné je. Jedna mutace ale velkou změnu neudělá. Co může efektivně udělat, že nějakou funkci rozbije. Pokud enzym potřebuje mít na konkrétním místě konkrétní aminokyselinu, aby udělal enzymatickou reakci a daná mutace aminokyselinu nahradí jinou, tak reakce přestane fungovat. Zničit něco jednou mutací je poměrně jednoduché, ale vystavět něco nového, to ne,“ popsal odborník.
Kromě studia samotného viru se vědci pokouší rozklíčovat také roli opačné strany - tedy úlohu genetiky v reakci lidského organismu na SARS-CoV-2. Pozornost vyvolala například možná spojitost krevní skupiny a průběhu nákazy.
Dokládá ji studie založená na výzkumu 1600 pacientů z Itálie a Španělska, kterým koronavirus způsobil vážné respirační potíže. Vědci spočítali, že mít krevní skupinu A zvyšuje pravděpodobnost potřeby napojení na ventilátor o celých 50 %. Podobné výsledky přitom mají i další výzkumníci.
Podle předběžných poznatků by se tak právě genetika mohla přidat k dalším faktorům ovlivňujícím průběh nákazy, jako je věk, přidané choroby či obezita.
