Článek
Má to být hlavní pilíř v boji proti šíření epidemie covidu-19. Detailní sledování variant a mutací však v Česku nadále jede pouze na půl plynu. Svědčí o tom zatím poslední čísla Státního zdravotního ústavu, který takzvané sekvenace zaštiťuje. „V týdnu od 28. června do 2. července bylo osekvenováno 22 vzorků. V šesti případech byla prokázána varianta delta,“ píše se v poslední zprávě zdravotního ústavu.
V něm dohlíží na vývoj mutací Národní referenční laboratoř. Její ředitelka Helena Jiřincová přitom nedávno apelovala, ať se sekvenují všechny pozitivní vzorky.
Článek si také můžete poslechnout v audioverzi.
Jen pro představu – ve výše zmíněném týdnu laboratoře detekovaly 769 pozitivních případů covidu. Doporučený počet vzorků pro rutinní monitorování má být ideálně deset procent všech pozitivních záchytů.
Národní referenční laboratoř zdravotního ústavu zároveň ve stejném období vyšetřila 106 pozitivních vzorků diskriminační PCR metodou. Odhalila 73 případů varianty delta (dříve označované jako indická). Právě ta je kvůli vyšší nakažlivosti pod bedlivým dohledem odborníků.
Diskriminační PCR
Jde o test, který je prováděn v laboratoři u pozitivních vzorků a umožňuje stanovit podezření na mutace viru. „Diskriminační PCR je vždy cílen na něco, co víte, že hledáte. Na určitých místech genomu jsou změny a existují systémy, které je umí detekovat. Nicméně nezjistíte změnu, která je v místě, o kterém nevíte. Diskriminační PCR test je schopen najít třeba až 15 bodových změn v jednom písmenku genomu, které potom mohou vyústit v další. Tyto změny, když je různě zkombinujete, vám vypovídají o dané variantě. Když tam bude mutace A, B a D, tak vím, že jde třeba o variantu gama, tzv. brazilskou variantu. Když bude A, B a C, tak je to beta. Mohou tam ale být další změny, které je dobře sledovat i sekvenací,“ popisuje Ruth Tachezy.
Při složitém procesu sekvenace přístroje detailně rozklíčují strukturu viru, a umějí tak rozpoznat, jak se v čase mění a zda některá z variant začíná převažovat.
Šerý: Důsledky už nebudou tak fatální
Brněnský vědec a specialista na DNA diagnostiku Omar Šerý má o tempu sekvenování v Česku jasno. „Adekvátní množství to jistě není,“ řekl expert, který už v minulosti několikrát velmi přesně odhadl vývoj epidemie.
Podle něj je situace podobná jako před rokem. „Momentálně můžeme jásat, že máme klid a užívat si. Po zavlečení nových mutací ze zahraničí se nám tu koncem léta začne šířit další vlna. Na rozdíl od loňska ale doufám, že nebude zabíjet v takové míře jako před rokem. Jediným způsobem, jak se uchránit, je testovat osoby vracející se ze zahraničí a důsledně trasovat všechny pozitivní a sekvenovat podezřelé pozitivní vzorky, abychom měli přehled, co se děje,“ uvedl Šerý.
Další promořování pak podle něj vede ke tvorbě nových mutací, které mohou být zákeřnější. „Varianta delta mě nepřekvapila a nepřekvapí mě ani další nové mutace, které se vytvoří možná právě zase v Anglii, která se znovu rozhodla jít cestou promořování,“ řekl.
Díky poměrně vysoké proočkovanosti a hlavně díky tomu, že podle Šerého v podstatě každý druhý Čech nemoc prodělal, vědec nepředpokládá, že by měla nová epidemie tak fatální dopady, jako to bylo po zavlečení alfa mutace (dříve označované jako britská) před Vánocemi 2020. „Na britskou mutaci zemřelo deset tisíc osob, jak jsem ostatně také předpověděl,“ dodal Šerý.
Česko se právě tehdy spálilo, protože kvůli téměř nulovým sekvenacím vůbec nezachytilo nástup alfa varianty.
Bývalý ministr zdravotnictví Petr Arenberger sliboval sekvenovat osm tisíc a později čtyři tisíce vzorků měsíčně. Jaká je realita? Podle aktuálních dat Česko za půl roku dokončilo jen 4 830 celegenomových sekvenací. Za vládním předsevzetím tak silně zaostává.
Šerý za tím vidí i pragmatické důvody. „Problém vidím v tom, že začaly prázdniny a většina lidí odcestovala na dovolené včetně lidí z laboratoří, programátorů a dalších. Málokdo si uvědomuje, že také odběrová centra a laboratoře jsou obsluhována lidmi, kteří mají nárok na dovolenou a na odpočinek,“ sdělil vědec.
Po prázdninách laboratoře nebudou stačit
Česko teprve nedávno uvedlo do reality systémový dohled nad mutacemi. Podle takzvané Národní strategie molekulárně-biologické surveillance SARS-CoV-2 sbírají sentinelové laboratoře pozitivní vzorky napříč republikou. Vhodné vzorky pak posílají k detailnímu zkoumání v sekvenačních centrech.
Na startu prázdnin se takto zapojilo 17 laboratoří a desítka center. „Pro současné počty pozitivních vzorků, které denně máme, je to dostatečné množství, ale otázkou zůstává, zda toto množství bude dostatečné i po prázdninách. Domnívám se, že nikoliv,“ sdělil Šerý.
Sekvenace přitom mají odhalit, že některá z variant začíná hrát dominantní roli. „Detekce varianty delta v ČR narůstá, byť v důsledku nerovnoměrné sekvenace nelze ještě pozorovat jasný vzestupný trend,“ přiznávají ve zprávě sami experti zdravotního ústavu.
Způsoby sekvenování
Biochemická metoda sekvenace viru je velmi složitý proces a čítá mnoho variant. Šerý zmiňuje kapilární sekvenování pouze genu pro spike protein a celogenomové sekvenování pomocí metody NGS (Next generation sequencing). „Pokud máte k dispozici kapilární sekvenátor, můžete mít vzorky sekvenovány do 24 hodin. Je zde ale spousta práce navíc ve srovnání s PCR metodou, kdy je třeba vyhodnotit a zkontrolovat data ze sekvenátoru, a to může pro takovou laboratoř činit nárok na další úvazek pro zkušeného molekulárního biologa, který vyhodnocování sekvenačních dat rozumí,“ popsal.
NGS sekvenování celého genomu je podle něj ještě náročnější činnost. „Vyžaduje nejzkušenější ze zkušených molekulárních biologů a navíc potřebujete zkušeného bioinformatika, který umí zpracovávat data z NGS sekvenátoru. Tímto přístupem lze zpracovávat nejméně 50 vzorků najednou, protože nižší počet vzorků by byl neúnosně drahý na zpracování. Klinické laboratoře takovým vybavením za miliony korun a zkušenými bioinformatiky nedisponují, takže pro takové úkony je třeba najmout a zaplatit odborníky z výzkumných center,“ upřesnil další překážky pro rozsáhlejší sekvenaci.
O deltě víme zatím málo
Podle Šerého může Česko nabídnout dostatek laboratoří i kvalitních odborníků, nicméně chybí systém a srozumitelné zajištění úhrad za sekvenování.
Zda Evropu zasáhne delta mutace podobně jako loni alfa mutace, podle odborníků rozhodnou až následující měsíce. „Jde o čas pro získání relevantních údajů z jednotlivých zemí. Teprve na základě těchto dat bude možné posoudit, zda skutečně delta mutace má i klinický dopad. Zaznamenáváme obavy veřejnosti ohledně možného zahlcení nemocnic a vyšší nebezpečnosti viru, ale nemáme dostatek údajů k tomu, abychom měli důvod vyslovit takovou predikci,“ uvedla ve zprávě ředitelka Státního zdravotního ústavu Barbora Macková.
Podle Šerého mohou svět vysvobodit z pandemie nosní vakcíny, které mají přijít na trh na přelomu roku. „Posunou míru proočkovanosti k maximu, protože to bude bezbolestný, bezpečný a snadný způsob vakcinace,“ dodal vědec.
