Článek
Když se v zimě nepodařilo včas podchytit rychlé šíření alfa varianty koronaviru populací, přislíbila vláda masivní sekvenování a důraz na odhalování mutací. Ani po více než půl roce ale systém naplno neběží a situace připomíná nepříjemné déjà vu. Tentokrát v hlavní roli s variantou delta. Ještě infekčnější verzí viru, než která zemi zaskočila v zimě.
Článek si také můžete poslechnout v audioverzi.
Kromě sekvenování mají přehled zajistit takzvané diskriminační PCR testy. Laboratoře musí od července takto vyšetřit každý pozitivní záchyt a výsledek nahlásit do dvou dnů do systému.
„Zatím ne všechny laboratoře tu povinnost plní. Vidíme, že tam jsou mezery a nejsme z toho šťastní. Těm laboratořím jsme psali a budeme na ně apelovat. Je to v gesci příslušných hygienických stanic. Řekl jsem paní náměstkyni Pavle Svrčinové, aby – pokud to bude nějaká chronicky problémová laboratoř – s ní bylo vedeno správní řízení a případně byla sankcionována. Protože my potom bezesporu jsme slepí, pokud nebudeme mít kompletní data reportována v systému. Potom se situace těžko vyhodnocuje a myslím, že nic nebrání tomu, aby laboratoře tuto povinnost dodržovaly,“ odpověděl na dotaz Seznam Zpráv ministr zdravotnictví Adam Vojtěch (za ANO).
Už dříve v České televizi uvedl, že v systému chybí data o desítkách procent vzorků, které měly být speciálně na odhalení variant vyšetřeny, a míra nenahlášení vzorků je tak vysoká.
Laboratoře, na které se redakce s dotazem ohledně opatření obrátila, uvedly, že o povinnosti ví, drží se jí a problém s ní nemají. „Mohu mluvit jen za naši laboratoř samozřejmě, ale my tuto povinnost řádně plníme,“ uvedl Michal Mikšík, mluvčí GHC Genetics. Stejně tak odpověděla například i SpadiaLab. „Do systému odchází výsledky od nás každou hodinu,“ uvedla mluvčí Simona Součková. Diskriminační PCR provádí i společnost Synlab. „Výsledky následně dle pravidel obratem reportujeme do Informačního systému infekčních nemocí,“ říká ředitelka Kateřina Bílly Danyšová.
Už je pozdě
Potíže okolo nahlašování výsledků diskriminačních PCR testů jsou ale jen jedním z řady zádrhelů, které Česko při snaze odhalovat varianty koronaviru má. Plošně a systematicky neběží ani zmiňované sekvenování.
Diskriminační PCR
Jde o test, který je prováděn v laboratoři u pozitivních vzorků a umožňuje stanovit podezření na mutace viru. „Diskriminační PCR je vždy cílen na něco, co víte, že hledáte. Na určitých místech genomu jsou změny a existují systémy, které je umí detekovat. Nicméně nezjistíte změnu, která je v místě, o kterém nevíte. Diskriminační PCR test je schopen najít třeba až 15 bodových změn v jednom písmenku genomu, které potom mohou vyústit v další. Tyto změny, když je různě zkombinujete, vám vypovídají o dané variantě. Když tam bude mutace A, B a D, tak vím, že jde třeba o variantu gama, tzv. brazilskou variantu. Když bude A, B a C, tak je to beta. Mohou tam ale být další změny, které je dobře sledovat i sekvenací,“ popsala redakci už dříve viroložka Ruth Tachezy.
„Nastavení opatření proti importu přišlo pozdě,“ konstatuje v aktuální zprávě o situaci Národní referenční laboratoř (NRL) Státního zdravotního ústavu, o kterou se sekvenování primárně opírá. Laboratoř zároveň hlásí nárůst varianty delta. Upozorňuje ale, že vychází jen z dat, která má k dispozici, a zdráhá se proto dělat závěry o plošném výskytu.
„Je pravděpodobné, že vzestupný trend bude pokračovat i přes přijatá opatření proti importu. Tomuto napovídá i 70% detekce delta varianty v rámci diskriminačního PCR vůči 30% průkazu varianty alfa. Z diskriminačních PCR, které má NRL k dispozici a kde lze identifikovat kraj, vyplývá, že podíl varianty delta překračuje 90 % v Praze a Libereckém kraji,“ píše se ve zprávě.
Na nedostatky upozorňují dlouhodobě i vědci a odborníci, kteří s odhalováním variant v Česku pomáhají.
„Největším úskalím sekvenace variant SARS-CoV-2 zůstává nesystematický sběr dat, nedostatečný počet osekvenovaných vzorků z české populace a chybějící metadata – pacientův zdravotní stav, prodělání nemoci covid-19 a vakcinace. Dalším problémem je nepropojenost s pracovišti veřejné správy, která sledují výskyt SARS-CoV-2 v rámci České republiky,“ shrnují ve své poslední zprávě odborníci z iniciativy COG-CZ.
Ta vznikla už dříve ve spolupráci s Ústavem molekulární genetiky AV ČR a zahrnuje instituce, které se rozhodly se sekvenováním pomoci. Doplnily tak Národní referenční laboratoř Státního zdravotního ústavu (SZÚ).
Podle šéfky Státního zdravotního ústavu Barbory Mackové se na vylepšení systému pracuje. A to společně s Ústavem zdravotnických informací a statistiky (ÚZIS).
„Pokračujeme v nastavení systému, který by umožnil získat plošnější přehled o procentuálním zastoupení sledovaných variant koronaviru napříč Českou republikou. Naším cílem je v jedné databázi shromáždit hlášení ideálně z veškerých laboratoří v ČR, které vyšetřují diskriminační PCR, důležitá je proto součinnost všech zapojených laboratoří s povolením k vyšetřování SARS-CoV-2,“ přibližuje další plánovaný postup práce s daty Barbora Macková.
