Článek
Čísla ohledně výskytu jednotlivých variant koronaviru zůstávají od minulého týdne zatím beze změn, uvedl v pondělní zprávě Státní zdravotní ústav (SZÚ). Variantu delta tak stále detekuje jen 126 případů. Nejde však o signál zlepšení situace, spíše naopak. Do čísel se podle ústavu jen promítly dny volna.
„Od minulého týdne nepřibyly žádné sekvence. Liberecký kraj a Národní referenční laboratoř (NRL) zpracovávají aktuální sekvenační hrubá data. Detekce varianty delta narůstá, byť v důsledku nerovnoměrné sekvenace nelze ještě pozorovat jasný vzestupný trend,“ píše ve svém týdenním přehledu šéfka laboratoře Helena Jiřincová.
Vzestup delty však podle ní pokračuje. Napovídají tomu výsledky ze speciálních PCR testů, které jsou schopné variantu detekovat, takzvaných diskriminačních PCR. Výrazně varianta převládá v Praze a Libereckém kraji.
„Je pravděpodobné, že vzestupný trend bude pokračovat i přes přijatá opatření proti importu. Tomuto napovídá i 70% detekce delta varianty v rámci diskriminační PCR vůči 30% průkazu varianty alfa. Z diskriminačních PCR, která má NRL k dispozici a kde lze identifikovat kraj, vyplývá, že podíl varianty delta překračuje 90 % v Praze a Libereckém kraji. Jak vyplývalo již z minulé zprávy, nastavení opatření proti importu přišlo pozdě,“ dodává.
Doposud bylo v Česku osekvenováno 4830 vzorků, z toho na letošek vychází 4540 analýz, které byly vloženy do mezinárodní databáze GISAID. Některé vzorky do ní ještě přibudou z česko-saské přeshraniční spolupráce, v rámci které Ústecký a Liberecký kraj posílají každý týden do laboratoře v Drážďanech.
Stále slepé Česko
Odborníci dlouhodobě upozorňují, že odhalování variant a mutací koronaviru stále neběží tak, jak by podle mezinárodních doporučení mělo.
„Momentálně můžeme jásat, že máme klid a užívat si. Po zavlečení nových mutací ze zahraničí se nám tu koncem léta začne šířit další vlna. Na rozdíl od loňska ale doufám, že nebude zabíjet v takové míře jako před rokem. Jediným způsobem, jak se uchránit, je testovat osoby vracející se ze zahraničí a důsledně trasovat všechny pozitivní a sekvenovat podezřelé pozitivní vzorky, abychom měli přehled, co se děje,“ uvedl pro Seznam Zprávy brněnský vědec a specialista na DNA diagnostiku Omar Šerý.
Varianta versus mutace
O mutaci podle Státního zdravotního ústavu (SZÚ) mluvíme tehdy, když dojde k bodové změně, tedy pouze ke změně jedné aminokyseliny v genetické informaci viru. O variantu pak jde tehdy, když se zkombinuje více bodových mutací, a vytvoří tak specifickou variantu viru. „Virus si získává přirozeným vývojem stále vyšší odolnost proti poznaným obranným mechanismům hostitele. To znamená, že mění svou genetickou informaci tak, aby lépe přežil. Pokud jde pouze o změnu jednotlivou, říkáme, že vznikla mutace. Pokud ale virus ve svém vývoji pro získání vyšší odolnosti prodělá současně více změn genu, pak už mluvíme o vzniku nové varianty,“ říká Barbora Macková, ředitelka SZÚ.
Na váznoucí logistiku okolo sekvenování upozorňují v aktuální zprávě i vědci z iniciativy COG-CZ. Ta vznikla už dříve ve spolupráci s Ústavem molekulární genetiky AV ČR a zahrnuje instituce, které se rozhodly s analyzováním pomoci.
„Největším úskalím sekvenace variant SARS-CoV-2 zůstává nesystematický sběr dat, nedostatečný počet osekvenovaných vzorků z české populace a chybějící metadata – pacientův zdravotní stav, prodělání nemoci covid-19 a vakcinace. Dalším problémem je nepropojenost s pracovišti veřejné správy, které sledují výskyt SARS-CoV-2 v rámci ČR,“ shrnují odborníci.
Podle šéfky zdravotního ústavu Barbory Mackové se na vylepšení systému pracuje. A to společně s Ústavem zdravotnických informací a statistiky (ÚZIS).
„Pokračujeme v nastavení systému, který by umožnil získat plošnější přehled o procentuálním zastoupení sledovaných variant koronaviru napříč Českou republikou. Naším cílem je v jedné databázi shromáždit hlášení ideálně z veškerých laboratoří v ČR, které vyšetřují diskriminační PCR, důležitá je proto součinnost všech zapojených laboratoří s povolením k vyšetřování SARS-CoV-2,“ přibližuje další plánovaný postup práce s daty Barbora Macková.
